战争机器的故事发生在一名联盟士兵──马可斯的身上。在监狱服刑四年后被他的朋友多姆拯救出来,并且加入了D小队。长官霍夫曼上校授予D小队的任务是,与A小队的幸存者巴德、柯尔会合,并取得A小队携带的位置共鸣器,这个共鸣器是用来探测地下洞穴并画出兽族地底通道的地图,接着发射光子导弹来摧毁兽族的要塞。D小队后来和A小队会合并得到了这个共鸣器,但途中D小队队员安东尼。卡敏被狙杀而队长金名扬被兰姆大将军一刀刺死。混乱中,他们得到游民的帮助,于是马可斯带领D小队顺利穿过Sera行星的废墟城市,最后乘车来到了一个采矿工厂,并且经由工厂到达了地底深处的矿坑。营救现场,消防站长正在锯断变形的车门,解救里面的司机、乘客,一眼瞥见急诊科医生,马上放下手中的工作,原地驻足,深情地望向女生长发飘飘的背影。真想替车里被困人员喊一句:“大哥,咱先救我行不?”